La risorsa mette a disposizione un motore di ricerca ad alte prestazioni sull'analisi dei dati di espressione e sulla genomica convergente. È in grado di analizzare grandi serie di geni contemporaneamente. Integra migliaia di esperimenti di microarray e RNAseq pubblici ben definiti manualmente e visualizza l'espressione genica in diversi contesti biologici: tessuti, malattie, sostanze nutritive, sostanze chimiche o genotipi

Aree terapeutiche

Il team dei curatori dispone di dati di qualità controllata, annotati e integrati per oltre 500 malattie provenienti da 18 aree terapeutiche principali.

- Ulteriori informazioni 

A cosa serve GENEVESTIGATOR

Sono disponibili quattro approcci di analisi di base: 
1) analizzare un esperimento individuale per trovare geni o campioni significativi 
2) identificare quali condizioni influiscono sull'espressione di un gene di interesse 
3) identificare quali geni sono specificamente espressi in una condizione scelta
4) trovare similitudini di espressione tra geni o tra condizioni di regolazione

Sulla base di questi approcci, GENEVESTIGATOR rende utilizzabile una vasta gamma di applicazioni:

Studiare la funzione genica o il meccanismo di droga e malattia

Trovare facilmente quali contesti biologici regolano un gene di interesse, cioè quanto fortemente è espresso in diversi organi e tessuti, linee cellulari, cancri e neoplasie benigne, perturbazioni esterne o interne (malattie, sostanze chimiche, tumori, ecc.) O genotipi. La funzione genica è compresa anche identificando altri geni che hanno una regolazione simile o in quale stadio di sviluppo si esprime un gene.

Dare priorità agli obiettivi e ai biomarcatori.

Definire in modo efficiente le liste di bersagli o biomarcatori controllandone l'espressione spaziale, temporale e di risposta: visualizzare la loro espressione attraverso tessuti, linee cellulari, malattie, tumori, risposte ai farmaci, genotipi; ricercare e visualizzare geni target a grappolo con regolazione dell'espressione simile.

Scoprire nuovi obiettivi e biomarcatori.

La risorsa utilizza una strategia di ricerca globale per identificare i geni che sono altamente specifici per le condizioni scelte (rispetto alla loro espressione in un sottoinsieme o in tutte le altre condizioni):

Trova i geni espressamente espressi in una serie scelta di tessuti o tumori.

Trova i geni specificatamente regolati in alto o in basso in risposta a una perturbazione prescelta (malattie, genotipi, farmaci, ecc.) ma minimamente rispondenti a tutte le altre condizioni.

Trova i geni espressi in una fase di sviluppo prescelta.

La tradizionale analisi di espressione differenziale (condizione contro controllo) è disponibile con uno strumento molto intuitivo e veloce.

Grazie a tale metodologia è agevole Interpretare i risultati degli esperimenti, portarli nel contesto di migliaia di altri esperimenti; trovare altri esperimenti con un insieme simile di risultati; generare cluster per la loro espressione in vari contesti (tessuti, linee cellulari, cancri, malattie, genotipi).

Prevedere gli effetti collaterali: conoscere in quali condizionii l'obiettivo terapeutico è altamente espresso fornisce ipotesi sulla sua funzione in quelle condizioni o tessuti. Inibire la corrispondente proteina in questi tessuti può causare effetti collaterali inattesi

Generare un profilo del tessuto per obiettivi di interesse

Trovare perturbazioni che regolano un gene di interesse

Trovare indicazioni per un composto: se si dispone di una firma di espressione per il composto (vale a dire i geni più fortemente regolati in alto e in basso in risposta all'esposizione a quel composto), GENEVESTIGATOR consente di ricercare malattie che causano un profilo di espressione opposto.

Analizzare le reti di regolazione genica.

Sono disponibili altri strumenti avanzati per:

identificare geni del cluster in base alla loro regolazione spazio-temporale-risposta

identificare i geni co-espressi con un gene bersaglio attraverso i tessuti o attraverso condizioni pertinenti.

connettere geni con condizioni e fenotipi

GENEVESTIGATOR copre un ampio spettro di condizioni sperimentali, malattie e tumori. La meta-analisi dei geni bersaglio rivela facilmente nuove aree di coinvolgimento di questi geni e potenziali nuove indicazioni terapeutiche per i farmaci che prendono di mira questi geni.

Identificare le malattie colpite dal tuo gene bersaglio

Identificare i tumori in cui il tuo gene bersaglio è fortemente regolato

Trovare i tessuti in cui un gene è altamente espresso

Pianificare gli esperimenti

Controllare l'espressione dei geni di interesse in un'ampia varietà di contesti porta a idee per la progettazione di nuovi esperimenti e supporta decisioni informate. 

Link di approfondimento:

Tutorial video

Manuale d'uso